Semenanjung Melayu berubah menjadi pusat perdagangan Asia Tenggara ketika Cina dan India memulai perdagangan mereka melewati Selat Melaka. Banyak kerajaan awal yang berdiri pada abad ke-10 berasal daripada pelabuhan, termasuk Langkasuka dan Lembah Bujang di Kedah, Beruas dan Gangga Negara di Perak, dan Pan Pan di Kelantan. Pada awal abad ke-5, Kesultanan Melaka didirikan dan kemakmuran ekonominya telah menarik minat penjajah dari Portugis, Belanda dan Britania
Zaman penjajahan
Pemukiman Selat (Straits Settlements) Koloni Mahkota (Crown Colony) Britania dibentuk pada 1826, dan Britania sedikit demi sedikit menyebarkan pengaruh dan kawalannya kepada seluruh semenanjung. Pemukiman Selat termasuk Pulau Pinang, Singapura dan Melaka.
Pada 1867, Inggris menjadi semakin agresif dan mulai merebut negeri-negeri Melayu lainnya. Akibat perang saudara, gangguan persatuan sulit China, Britania telah dipilih untuk menyelesaikan masalah-masalah penduduk Negeri Selat. Akhirnya, Perjanjian Pangkor ditandatangani yang mengakibatkan perluasan kekuasaan Britania ke negeri-negeri Melayu (yaitu Perak, Pahang, Selangor dan Negeri Sembilan yang juga dikenal sebagai Negeri-negeri Bersekutu). Negeri-negeri lain yang dikenali sebagai Negeri-Negeri Tidak Bersekutu ialah Perlis, Kedah, Kelantan, dan Terengganu yang berada di bawah kuasa Thailand.
Di Borneo pula, Borneo Utara Britania yang dulu berada di bawah pemerintahan Kesultanan Sulu (sekarang Sabah) ditabalkan sebagai Koloni Kerajaan Britania, manakala Sarawak menjadi milik keluarga Brooke. Akibat penaklukan Jepang pada Perang Dunia II dan kebangkitan komunis, dukungan untuk kemerdekaan semakin kuat. Saat Britania menginginkan pembentukan Uni Malaya setelah berakhirnya perang, masyarakat Melayu bangun menentang dan menginginkan sistem yang pro-Melayu, Singapura akhirnya melepaskan diri dari MALAYSIA dan membentuk negara sendiri. dan meminta sistem kewarganegaraan tunggal (berbanding dwiwarganegara, yang mengizinkan kaum pendatang mendapat status warganegara Malaya dan negara asal mereka). Kemerdekaan untuk semenanjung diperoleh pada 1957 di bawah nama Persekutuan Malaya, tanpa Singapura.
Persekutuan yang baru diwujudkan di bawah nama Malaysia pada 16 September 1964 melalui penyatuan Persekutuan Malaya, Singapura, Borneo Utara (kemudian dinamakan Sabah) dan Sarawak. Kesultanan Brunei yang pada mulanya menyatakan hasrat untuk menyertai Malaysia menarik diri akibat tentangan sebahagian masyarakat Brunei. Pada awal terbentuknya Malaysia, banyak masalah yang terjadi misalnya dengan Indonesia (“Konfrontasi”), dan tuntutan oleh Filipina terhadap Sabah. Selain itu, pada 1965, Singapura menarik diri daripada Malaysia dan kemudian terjadinya kerusuhan etnis pada 1969
